中山大学教育科学研究所创建于1928年，是中山大学最早招收研究生的单位之一。出版过中国最早的教育研究专业期刊----《教育研究》。庄泽宣、崔载阳、许崇清等著名教授都曾主持过中山大学教育研究所的工作。1952年院系调整，中山大学教育学科被并入其他高校；1982年中山大学恢复教育科学研究，成立高教研究室，隶属教务处；1984年独立出来，李岳生校长兼任研究室主任，吴福光任副主任，直接对校长负责；1992年改建为高等教育研究所，吴福光教授任所长；1997年10月张敏强教授任所长；2000年改名为教育科学研究所，郑永廷教授兼任所长，同时并入成立的中山大学教育学院；2005年9月起黄崴教授任所长。
经过几代人建设，近年来经过努力，本所现有教育经济与管理专业硕士点（1996）、博士点（2006）、博士后流动站（2008），教育学一级学科硕士点（教育学原理、高等教育学、课程与教学论、比较教育学、教育史、职业教育、特殊教育、成人教育、学前教育、教育技术等10个二级学科硕士点，2010年），教育硕士专业学位（MED)授权（2007年）、教育学（教育管理）专科起点本科专业（成人高等教育）。目前在读博士生、硕士生200多人。同时本所面向全国开展各级各类教育管理干部培训和教师培训。本所有一支专兼结合、团结合作的优质教师队伍。中山大学教育科学研究所已经成为国内有影响的、华南地区重要的教育科学研究基地和教育人才培养基地，正立足现在，面向未来，创造中山大学教育科学的明天。
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